Genomika a proteomika | Studijní obor, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita

Témata diplomových prací

Seznam navržených témat DP

Seznam aktuálních témat DP v ISu

Nová témata aktuální

Genomická a proteomická studie lidských a environmentálních kmenů Campylobacter jejuni
Genomic and proteomic studies on human and environmental strains of Campylobacter jejuni
Školitel: Mgr. Darina Čejková, Ph.D.
Školící pracoviště: Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i., Oddělení Imunologie

Campylobacter jejuni je nejběžnějším původcem akutní bakteriální gastroenteridity lidí, kampylobakteriózy, Za hlavní zdroj nákazy je považováno kontaminované maso, voda nebo mléko. Tento patogen hojně kolonizuje i ostatní teplokrevné živočichy, zvláště ptactvo. Stále častěji se v poslední době objevují kampylobaktery rezistentní k antibiotickým látkám, zejména k fluorochinolonům a makrolidům, tedy k takovým antimikrobiálním látkám, které se nejčastěji používají pro klinickou léčbu kampylobakteriózy. Na rozdíl od salmonely, dalším častým původcem lidské gastroenteritidy, je kampylobakter nesnáze kultivovatelný v laboratorních podmínkách. Proto doposud chybí hlubší znalosti o jeho patogenezi a biologii. Úkolem diplomové práce bude porovnání 11 kmenů C. jejuni (šesti kmenů izolovaných z infikovaných lidí a pěti z kontaminované vody) pomocí genomických a proteomických nástrojů.

Vývoj praktického postupu používaného v prokaryotických sekvenačních studiích
Development of pipeline for prokaryotic sequencing studies
Školitel: Mgr. Darina Čejková, Ph.D.
Školící pracoviště: Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i., Oddělení Imunologie

Student se během své diplomové práce seznámí se současnými molekulárně-biologickými metodami a genomickými přístupy, počínaje kultivací aerobních a anaerobních bakterií, přes následnou izolaci DNA, sestavení knihovny pro next-gen sekvenování, vlastní sekvenování, až po základní a pokročilou bionformatickou analýzu. Po osvojení těchto metod student vypracuje vlastní praktický postup pro analýzu dat a následnou komparativní genomiku.

Domů Přihlásit se